Geboren am 3. Februar 1774 übernahm Johann Barthel von Siebold nach dem Tod seines Vaters Carl Caspar dessen Stelle. Er wurde von seinem Vater ausgebildet und 1797 Carl’s Assistent. 1803 wurde Johann Barthel Oberwundarzt des Juliusspitals und Professor der Chirurgie.
Der zweitjüngste Sohn von Carl Caspar verfasste den “Plan zur Einrichtung und zu den Gesetzen einer Teutschen Akademie der Chirurgie” und eine Liste, in der er die bekanntesten (Wund-)Ärzte und Geburtshelfer des In- und Auslandes aufzählte. Diese Ärzte schlug er als Mitlgieder dieser “Teutschen Akademie” vor. Seinen Plan führte er jedoch nicht aus.
U.a. wegen gesundheitlichen Problemen lehnte Siebold Berufungen nach Wien und Halle ab.
Diese Probleme führten wohl zu seinem frühzeitigen Tod – er starb am 28. Januar 1814 mit nicht einmal 41 Jahren.