Philipp Franz Balthasar von Siebold ist am 17 Februar 1796 als Sohn von Johann Georg Christoph von Siebold und Maria Apollonia Lotz in Würzburg geboren.
Nach seiner schulischen Ausbildung studierte er an der Universität Würzburg. Dort beschäftigte er sich neben der Medizin auch mit Naturwissenschaften, Länder- und Völkerkunde. 1820 erhielt er den Doktortitel der Medizin
Zwei Jahre später folgte er einem Ruf nach Den Haag, von wo aus er kurz darauf nach Japan aufbrach.
Er lebte bis 1830 in Japan auf der kleinen Halbinsel Dejima im Hafen von Nagasaki. Von hier aus betrieb er seine Forschungen, wobei er auch japanisch lernte. Er unterrichtete dort auch etwa 60 Japaner in einigen westlichen Wissenschaften und genoss großes Ansehen.
Auf Dejima führte er mit Sunogi Otaki Kusumoto eine Ehe auf Zeit aus welcher die Tochter O-Ine Kusumoto entstand.
Auf der Heimfahrt nach Europa wurde entdeckt, dass von Siebold im Besitz von einigen illegalen Dokumenten (Landkarten u. Grundrisse) war. Von der japanischen Regierung war es unter Androhung der Todesstrafe strengstens verboten, solche Dokumente ins Ausland zu bringen. Von Siebold kam mit einem Japan-Verbot davon.
Nach der Rückkehr nach Holland veröffentlichte er einige wissenschaftliche Werke und wurde von der niederländischen Regierung anschließend mit hohen Ehren überhäuft.
Einige seiner in Japan gesammelten Gegenstände verkaufte er und konnte so im Alter angenehm leben.
Am 18 Oktober 1866 starb er im Alter von 90jahren in München.
